Numerose sono le notizie riguardanti le origini del Comune di Zapponeta e del suo nome. Le voci più autorevoli sostengono che nel 1768 il villaggio di Zapponeta nacque grazie al barone Zezza, padrone del feudo della zona, che incoraggiò i contadini a stabilirsi in questa valle. Il barone Michele Zezza fece costruire, interamente in pietra, il primo palazzo, chiamato “Posta Zezza” ed in seguito anche la Chiesa di San Michele Arcangelo ed alcune case.

Relativamente al nome Zapponeta due sono le ipotesi più verosimili, la prima che il nome derivi dalla necessità di zappare la terra per lungo tempo e con grande fatica al fine di renderla fertile e produttiva (quindi produrre moneta) altri parlano di una pianta comune del luogo, chiamata aneto che gli abitanti dovevano zappare per liberare i terreni da preparare alla coltivazione.

Zapponeta fino al 1975 era frazione del Comune di Manfredonia dal quale si è staccata e resa autonoma e indipendente con la Legge della Regione Puglia del 2-05-1975 n.37

Zapponeta è il Comune di più recente costituzione nella provincia di Foggia.

Questo ridente centro situato sul mare, tra Manfredonia e Margherita di Savoia trova nel commercio dei prodotti locali la principale fonte economica. Rilevante, infatti, sul territorio nazionale ed internazionale è la produzione di patate, cipolle e carote che acquistano un sapore particolare proprio grazie al tipo di terreno sabbioso.

Il piccolo centro vive anche di turismo estivo, recentemente rinvigorito dal nascere di nuovi villaggi e insediamenti residenziali; la spiaggia di Zapponeta è nota inoltre per la sabbia nera, perché ricca di ferro, che si è rivelata terapeutica ai fini della cura di patologie reumatiche.